Fondu pārvalda Fonda padome, tās darbību nodrošina sekretariāts.

Fonda padomes sastāvā ir izglītības un zinātnes ministrs, kultūras ministrs, labklājības ministrs, vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministrs, kā arī tieslietu ministrs; Ministru prezidenta pārstāvis un pieci nevalstisko organizāciju pārstāvji.

Fonda padomē pārstāvētās nevalstiskās organizācijas izraugās uz trim gadiem. Ministru kabinets nosaka kritērijus, pēc kādiem tiek izraudzītas nevalstiskās organizācijas, kuras ir tiesīgas deleģēt savu pārstāvi darbam Fonda padomē, un kārtību, kādā šīs organizācijas tiek izraudzītas. Fonda padomē iekļauto nevalstisko organizāciju pārstāvju pilnvaras turpinās, līdz noteiktā kārtībā tiek izraudzītas citas nevalstiskās organizācijas, kuras deleģē citus pārstāvjus darbam Fonda padomē. Fonda padomes locekļi no sava vidus ievēlē Fonda padomes priekšsēdētāju, kas vada Fonda padomes darbu. No 2020.gada 1.janvāra nevalstisko organizāciju pārstāvji (Fonda padomes locekļi) par piedalīšanos Fonda padomes sēdēs saņem atlīdzību.

Padomes sēdes

Sabiedrības integrācijas fonda padomes sastāvs (09.06.2021.)

Padomes priekšsēdētājs
1. Nauris Puntulis kultūras ministrs
Padomes locekļi
2. Imants Parādnieks Ministru prezidenta pārstāvis, Ministru prezidenta padomnieks demogrāfijas jautājumos
3. Artūrs Toms Plešs vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministrs
4. Jānis Bordāns tieslietu ministrs
5. Gatis Eglītis labklājības ministrs
6. Anita Muižniece izglītības un zinātnes ministre
7. Andris Ķēniņš

biedrības "Latvijas Raidorganizāciju asociācija" izpilddirektors

8. Miks Muižarājs biedrības "Ar pasaules pieredzi Latvijā" valdes priekšsēdētāja vietnieks
9.

Ilze Bergmane

biedrības "Latvijas Jaunatnes padome" prezidente 

10. Andris Bērziņš biedrības "Latvijas Samariešu apvienība" direktors
     
  Ministru aizvietotāji:  
11. Edvīns Balševics vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministra pilnvarotais pārstāvis, Vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministrijas valsts sekretārs
12. Andris Vītols tieslietu ministra pilnvarotais pārstāvis, Tieslietu ministrijas parlamentārais sekretārs