Sabiedrības integrācijas fonda sekretariāts ir izpildinstitūcija, kuru vada direktors. Sekretariāts ir atbildīgs par padomes lēmumu ieviešanu, nodrošina padomes darbības tehnisko pusi.
Sekretariātā ir Rīcībpolitikas ieviešanas un Administratīvais un finanšu departaments, kas nodrošina SIF mērķu un funkciju īstenošanu:
Sabiedrības integrācijas fonda organogramma no 01.07.2020.